Lembaga Penjaminan Mutu (LPM) IAINU Kebumen adalah unit strategis yang bertanggung jawab merencanakan, menetapkan, melaksanakan, dan mengevaluasi standar mutu akademik serta non-akademik. LPM memastikan peningkatan kualitas berkelanjutan, mulai dari monitoring, evaluasi, hingga audit mutu internal dan eksternal, guna mewujudkan visi IAINU Kebumen sebagai perguruan tinggi unggul. 

Berikut adalah poin-poin profil LPM IAINU Kebumen:

• Fungsi Utama: Melakukan penjaminan mutu internal (SPMI) agar sesuai dengan standar pendidikan tinggi, serta mengawal akreditasi institusi dan program studi.
• Tugas Pokok: Menyusun dokumen mutu, melakukan monitoring dan evaluasi (monev) pembelajaran, serta menyelenggarakan audit mutu internal (AMI).
• Lingkup Kegiatan: Mencakup seluruh civitas akademika, meliputi audit mutu internal dan eksternal, studi survei kepuasan pelanggan, serta pemantauan kerjasama.
• Target: Terwujudnya tata kelola kampus yang efektif, akuntabel, dan transparan untuk mendukung IAINU Kebumen sebagai kampus yang berkualitas. 

LPM berupaya konsisten dalam meningkatkan budaya mutu di lingkungan Institut Agama Islam Nahdlatul Ulama Kebumen.